Articles of sed

Implementar la inclusión de otro file en una secuencia (leer de stdin)

Fondo Me enfrento al siguiente problema: insisto en usar m4_include([some/file.m4]) en mi file configure.ac, donde some / file.m4 contiene patrones como 'AC_INIT' y 'LT_INIT' que son necesarios para libtoolize para trabajar. En otras palabras, necesito que configure.ac sea preprocesado por m4 antes de que libtoollize lo alimente para search esos patrones. NO quiero generar configure.ac […]

Extrae la URL del patrón específico (Google Alert)

He intentado todas las combinaciones posibles (para mi conocimiento) de los commands grep y sed, pero no puedo extraer las URL con el siguiente patrón (correos electrónicos de Google Alert en text plano): "url": "https://www.google.com/url?rct=3Dj\u0026sa=3Dt\u0026url=3Dhtt= p://abcnews.go.com/US/wireStory/judge-orders-forfeiture-cartel-money-launde= ring-case-44765120\u0026ct=3Dga\u0026cd=3DCAEYACoTNzAxNDE5ODc4MzMzMTc5OTA4O= TIaYjdkMGIxMjNmMjc0YWM4ODpjb206ZW46VVM\u0026usg=3DAFQjCNHKeTb3brU2sr0qOpXXJ= fuW9Nfntg" Obviamente, lo que quiero extraer es: http://abcnews.go.com/US/wireStory/judge-orders-forfeiture-cartel-money-laundering-case-44765120 Entonces necesito extraer lo que está entre "url = […]

Encuentre y reemplace con sed usando comodín tanto para encontrar como para replace

Así que entiendo cómo usar sed , es decir, al search usando comodines,. .* . El problema que estoy enfrentando es cómo encontrar y replace utilizando el comodín ambas veces, tanto en la búsqueda como en la sustitución de las partes del command. Un ejemplo ayudará a ilustrar mejor esto: $cat test.txt a(bc) a(l) a(d) […]

Recuperando secuencias Fasta utilizando información de file de la cama del file instalado localmente

Tengo un file .bed que contiene alnetworkingedor de 30000 filas para las cuales tengo las secuencias recuperadas usando el module fetch-sequences de la herramienta rsat ( http://rsat.ulb.ac.be/rsat/help.fetch-sequences.html#usage ) [Nota: esta herramienta se conecta al server cada vez para recuperar las secuencias] Ahora tengo aproximadamente 10000 subsets del mismo file de la cama orderados aleatoriamente para […]

Cómo extraer una cadena entre dos caracteres con sed

Necesito ayuda con sed . Intenté search información para hacer esto, pero no pude encontrar ninguna persona específica y la gente apenas proporciona una explicación de la solución provista, por lo que es difícil comprender cómo funciona sed . Básicamente tengo files con el siguiente formatting: NAME_DIGITS_ddd-11s-21a-ds_DIGITS_DIGITS.xml Quiero copyr los primeros 00004574 (por ejemplo, 00004574 […]

unir y agregar según la position del personaje

Tengo un file donde necesito hacer coincidir y actualizar en function de qué número / personaje está en una position fija en un file. si el carácter en la position 586 = 5, inserte el cero "0" en el espacio 614 .. si el carácter en la position 586 = 1, inserte el cero "0" […]

Escribe sed al file o da una salida de muestra

cuando se usa sed con un file como este sed 's/a/o' fruits da la salida necesaria al terminal pero no cambia el contenido del file. ¿Cómo cambio permanentemente el file con la sustitución anterior?

Concatenar secuencias bajo un encabezado

Tengo un file como File1. Con un encabezado, por ejemplo, "> Contig1" y quiero concatenar todas las secuencias bajo el título respectivo. Archivo1: >Contig1 ACCCCATACATCCAAA NNNNNNNNNNCATACA AAAAAAAACTANNNNN ACATACAAAAA >Contig12 CCCCACAATTTTTAAA GGGGGNNNNNCATACA AGGAATTAACTANNAC GGATATA Rendimiento esperado: >Contig1 ACCCCATACATCCAAANNNNNNNNNNCATACAAAAAAAAACTANNNNNACATACAAAAA >Contig12 CCCCACAATTTTTAAAGGGGGNNNNNCATACAAGGAATTAACTANNACGGATATA ¿Puedes ayudarme con eso? ¡Aclamaciones!

¿Cómo encontrar el mínimo de una columna en cada enésimo intervalos de un file, usando sed, sort, tail?

Quiero encontrar el mínimo de la quinta columna de un file en cada 12º intervalo de eso y save la línea asociada en un nuevo file. Para encontrar el mínimo de la última 12ma línea que puedo usar tail -n 12 $FILEname | sort -g -k 5,5 | head -1| awk '{print}'> tmp.out Pero, ¿cómo […]

En mayúscula solo la primera letra de cada línea

Estoy probando sed s/\w/\u/g pero no hace nada. Creo que porque no reconoce el \u ? GNU sed versión 4.1.2