Articles of perl

Conéctese a un server remoto mysql con bash php o perl

¿Cuál es la mejor y más baja forma de resources para conectarse a un server mysql remoto (server1.example.com) y ejecutar consultas como INSERT into SERVICES (user, id) ($user, $id) desde server2.example.com ? ¿Es mejor / más fácil usar PHP o Perl en lugar de Bash? (Quiero poder ejecutarlo fácilmente desde la terminal). ¿Alguien sabe un […]

pasando una variable nombrada como un argumento de línea de command a una secuencia de commands perl

awk ofrece una forma conveniente de pasar variables nombradas a un script usando el indicador -v (por ejemplo, awk -v var="value" … ), un recurso que es bastante útil al componer scripts ad hoc. ¿Se puede hacer lo mismo con Perl o se necesita recurrir a argv , getopts , %ENV , interpolación por el […]

Recuperando secuencias Fasta utilizando información de file de la cama del file instalado localmente

Tengo un file .bed que contiene alnetworkingedor de 30000 filas para las cuales tengo las secuencias recuperadas usando el module fetch-sequences de la herramienta rsat ( http://rsat.ulb.ac.be/rsat/help.fetch-sequences.html#usage ) [Nota: esta herramienta se conecta al server cada vez para recuperar las secuencias] Ahora tengo aproximadamente 10000 subsets del mismo file de la cama orderados aleatoriamente para […]

Perl: ¿Por qué no puedo usar una variable en Regex?

Lamento no ser demasiado específico en el título, pero no pude getlo más específico que eso. ¿Por qué no puedo usar if($l =~ $ARGV[0]) pero puedo usar if($l =~ /$ARGV[0]/g ? primer caso $ perl script.pl '/^[\w]/g' segundo caso $ perl script.pl '^[\w]'

Uso de expresiones regulares para ver si un process de UNIX está activo

En UNIX, estoy verificando si hay un process activo ejecutando el siguiente command; P.ej psg dtllst pe99 Esto devuelve el siguiente resultado si el process se está ejecutando; UID PID PPID C STIME TTY TIME CMD pe99 1234 1 0 03:29:44 pts/8 0:01 dtllst pe99 Ahora en Perl, quiero poder averiguar si este process está […]

Concatenar secuencias bajo un encabezado

Tengo un file como File1. Con un encabezado, por ejemplo, "> Contig1" y quiero concatenar todas las secuencias bajo el título respectivo. Archivo1: >Contig1 ACCCCATACATCCAAA NNNNNNNNNNCATACA AAAAAAAACTANNNNN ACATACAAAAA >Contig12 CCCCACAATTTTTAAA GGGGGNNNNNCATACA AGGAATTAACTANNAC GGATATA Rendimiento esperado: >Contig1 ACCCCATACATCCAAANNNNNNNNNNCATACAAAAAAAAACTANNNNNACATACAAAAA >Contig12 CCCCACAATTTTTAAAGGGGGNNNNNCATACAAGGAATTAACTANNACGGATATA ¿Puedes ayudarme con eso? ¡Aclamaciones!

Por lotes cambie el nombre de varios files con date e indicación de date anexa

Necesito una forma automática de agregar un sello de date y hora creado en todos los files .pdf dentro de un directory como este; testfile.pdf necesita ser testfile-YYY.MM.DD_HH.MM.SS.pdf Estoy usando el terminal OSX. Tengo este código: cd "/Users/***/Documents/testmap" old_filename=""testfile.pdf" new_filename=${old_filename%.*}$(stat -f %SB -t "%Y%m%d_%H%M%S" "$old_filename").${old_filename##*.} mv "$old_filename" "$new_filename" Y esto hace el trabajo, pero en […]

Coincidencia de datos de dos files diferentes

Para tener un logging de los dispositivos conectados a una networking, estoy trabajando en una secuencia de commands Expect que toma información del command Show CDP neighbors detail y guarda ciertos campos, incluidos Device Name, IP address, Interface and Port ID (outgoing port) , cualquiera de esos campos funciona como key principal en mi database, […]

Buscar y replace no respeta mi token de "$ 1"

Usando bash shell en Ubuntu 14.04. Tratando de hacer una búsqueda simple y replace en cada línea de un file. Yo he tratado perl -pi -e "s/.*/DELETE FROM my_object_times where ID = '$1';/g" ids.csv pero esto me deja un file lleno de DELETE FROM my_object_times where ID = ''; y todo lo que quería capturar […]

Reformateo de files de text w / Perl

Muy nuevo para Perl aquí, y tiene algunos problemas con el formatting de un file de text delimitado por tabulaciones simple. Tengo datos en el siguiente formatting de muestra: Mi problema es que necesito tenerlo formateado como tal, para facilitar la import y la manipulación en Excel: He visto leer el file línea por línea […]